BioStatR (version 4.0.1)

gg_qqplot: Graphique des quantiles (qqplot) et droite interquartile

Description

Dessine le graphique des quantiles ou qqplot et la droite interquartile (passant par le premier et le troisième quartile à la manière de la fonction qqline) avec la bibliothèque graphique ggplot2.

Usage

gg_qqplot(
  df,
  var,
  qdist = qnorm,
  params = list(),
  qq.line = TRUE,
  color = "red",
  alpha = 0.5
)

Value

ggplot

Un graphique utilisant la bibliothèque ggplot2. Affiche les valeurs des quartiles théoriques par lesquels passe la droite ainsi que son ordonnée à l'origine et sa pente si le tracé de celle-ci est demandé.

Arguments

df

Un jeu de données (dataframe)

var

Le nom d'une variable de df

qdist

La fonction quantile d'une (famille de) distribution. Par défaut celle de la famille des lois normales.

params

Une liste de paramètres pour spécifier la loi à utiliser. Par défaut la loi normale centrée et réduite. Les paramètres peuvent être estimés avec la fonction fitdistr de la bibliothèque MASS.

qq.line

Une valeur logique. Affiche ou masque la droite interquartile.

color

Le nom d'une couleur. Spécifie la couleur à utiliser pour la droite interquartile.

alpha

Indice de transparence. Spécifie la transparence à utiliser pour représenter les valeurs de l'échantillon.

Author

Frédéric Bertrand

http://www-irma.u-strasbg.fr/~fbertran/
Maumy-Bertrand

http://www-irma.u-strasbg.fr/~mmaumy/

References

F. Bertrand, M. Maumy-Bertrand, Initiation à la Statistique avec R, Dunod, 3e, 2018.

See Also

qqplot, qqline

Examples

glycine.blanche<-subset(Mesures,subset=(Mesures$espece=="glycine blanche"))
gg_qqplot(glycine.blanche,"taille")

#bonus ajustement avec une autre loi (ici Student (car dist = qt) dont on estime les ddl)
lauriers.roses<-subset(Mesures,subset=(Mesures$espece=="laurier rose"))
shapiro.test(lauriers.roses$taille) 
#pas issu d'une loi normale au risque alpha=5%
gg_qqplot(lauriers.roses,"taille")
gg_qqplot(lauriers.roses,"taille",qq.line=FALSE)
#essayons un qqplot avec une loi de Student
if (FALSE) {
require(MASS)
params <- as.list(fitdistr(lauriers.roses$taille, "t")$estimate)
#avec la droite
gg_qqplot(lauriers.roses,"taille",qt,params)
#essayons un qqplot avec une loi gamma
params <- as.list(fitdistr(lauriers.roses$taille,"gamma")$estimate)
#avec la droite
gg_qqplot(lauriers.roses,"taille",qgamma,params)
#essayons un qqplot avec une loi du chi-deux
params <- list(df=fitdistr(lauriers.roses$taille,"chi-squared",start=list(df=5),
method="Brent",lower=1,upper=40)$estimate)
#avec la droite
gg_qqplot(lauriers.roses,"taille",qchisq,params)
}