# Build example time bins:
time_bins <- matrix(data = c(443.8, 358.9, 358.9, 298.9, 298.9, 251.9,
251.9, 201.3, 201.3, 145.0, 145.0, 65.5, 65.5, 23.03), ncol = 2,
byrow = TRUE, dimnames = list(c("Silurodevonian", "Carboniferous",
"Permian", "Triassic", "Jurassic", "Cretaceous", "Paleogene"),
c("fad", "lad")))
# Set class as timeBins:
class(time_bins) <- "timeBins"
# Build example taxon ages:
taxon_ages <- matrix(data = c(385.3, 374.5, 407, 374.5, 251, 228, 385.3,
251, 251, 251, 391.8, 251, 251, 228, 385.3, 391.8, 391.8, 385.3, 311.7,
359.2, 359.2, 416, 407, 407, 407, 407, 385.3, 397.5, 385.3, 161.2, 385.3,
345.3, 318.1, 385.3, 228, 385.3, 385.3, 385.3, 385.3, 385.3, 385.3, 385.3,
385.3, 385.3, 391.8, 407, 391.8, 374.5, 407, 70.6, 311.7, 407, 145.5, 251,
65.5, 251, 112, 374.5, 374.5, 374.5, 385.3, 311.7, 249.7, 359.2, 391.8,
374.5, 385.3, 83.5, 418.7, 251, 385.3, 391.8, 374.5, 345.3, 385.3, 385.3,
407, 411.2, 397.5, 345.3, 374.5, 407, 216.5, 326.4, 411.2, 411.2, 374.5,
359.2, 391.8, 359.2, 245, 216.5, 374.5, 245, 245, 245, 385.3, 245, 245,
199.6, 374.5, 385.3, 385.3, 374.5, 306.5, 345.3, 345.3, 411.2, 397.5,
397.5, 397.5, 397.5, 374.5, 391.8, 374.5, 145.5, 374.5, 326.4, 311.7,
374.5, 199.6, 374.5, 374.5, 374.5, 374.5, 374.5, 374.5, 374.5, 374.5,
374.5, 385.3, 397.5, 385.3, 359.2, 397.5, 65.5, 306.5, 397.5, 99.6, 245,
23.03, 245, 99.6, 359.2, 359.2, 359.2, 374.5, 306.5, 247.4, 318.1, 385.3,
359.2, 374.5, 70.6, 416, 250.4, 374.5, 385.3, 359.2, 326.4, 374.5, 374.5,
397.5, 407, 391.8, 326.4, 359.2, 397.5, 203.6, 318.1, 407, 407),
ncol = 2, dimnames = list(c("Adololopas_moyasmithae", "Adelargo_schultzei",
"Amadeodipterus_kencampbelli", "Andreyevichthys_epitomus",
"Aphelodus_anapes", "Archaeoceratodus_avus", "Archaeonectes_pertusus",
"Arganodus_atlantis", "Ariguna_formosa", "Asiatoceratodus_sharovi",
"Barwickia_downunda", "Beltanodus_ambilobensis", "Ceratodus_formosa",
"Ceratodus_latissimus", "Chirodipterus_australis",
"Chirodipterus_onawwayensis", "Chirodipterus_rhenanus",
"Chirodipterus_wildungensis", "Conchopoma_gadiforme", "Ctenodus_romeri",
"Delatitia_breviceps", "Diabolepis_speratus", "Dipnorhynch_cathlesae",
"Dipnorhynchus_sussmilchi", "Dipnorhynchus_kiandrensis",
"Dipnorhynchus_kurikae", "Dipterus_cf_valenciennesi",
"Dipterus_valenciennesi", "Eoctenodus_microsoma",
"Ferganoceratodus_jurassicus", "Fleurantia_denticulata",
"Ganopristodus_splendens", "Gnathorhiza_serrata", "Gogodipterus_paddyensis",
"Gosfordia_truncata", "Griphognathus_minutidens", "Griphognathus_sculpta",
"Griphognathus_whitei", "Grossipterus_crassus", "Holodipterus_elderae",
"Holodipterus_gogoensis", "Robinsondipterus_longi",
"Asthenorhynchus_meemannae", "Holodipterus_santacrucensis",
"Howidipterus_donnae", "Ichnomylax_kurnai", "Iowadipterus_halli",
"Jarvikia_arctica", "Jessenia_concentrica", "Lepidosiren_paradoxa",
"Megapleuron_zangerli", "Melanognathus_canadensis",
"Metaceratodus_wollastoni", "Microceratodus_angolensis",
"Mioceratodus_gregoryi", "Namatozodia_pitikanta", "Neoceratodus_forsteri",
"Nielsenia_nordica", "Oervigia_nordica", "Orlovichthys_limnatis",
"Palaeodaphus_insignis", "Palaeophichthys_parvulus", "Paraceratodus_germaini",
"Parasagenodus_sibiricus", "Pentlandia_macroptera",
"Phaneropleuron_andersoni", "Pillararhynchus_longi", "Protopterus_annectens",
"Psarolepis_romeri", "Ptychoceratodus_serratus", "Rhinodipterus_secans",
"Rhinodipterus_ulrichi", "Rhynchodipterus_elginensis", "Sagenodus_inaequalis",
"Scaumenacia_curta", "Soederberghia_groenlandica",
"Sorbitorhynchus_deleaskitus", "Speonesydrion_iani", "Stomiahykus_thlaodus",
"Straitonia_waterstoni", "Sunwapta_grandiceps", "Tarachomylax_oepiki",
"Tellerodus_sturi", "Tranodis_castrensis", "Uranolophus_wyomingensis",
"Westollrhynchus_lehmanni"), c("fad", "lad")))
# Assign taxa to time bins:
assign_taxa_to_bins(taxon_ages = taxon_ages, time_bins = time_bins)
Run the code above in your browser using DataLab