PlotFTIR (version 1.2.0)

plotftir_to_chemospec: Convert `PlotFTIR` data to `ChemoSpec` format

Description

Converts `PlotFTIR` data to that ready to use by the `ChemoSpec` package.

Convertit les données `PlotFTIR` en données prêtes à être utilisées par le paquet `ChemoSpec`.

Usage

plotftir_to_chemospec(
  ftir,
  group_crit = NA,
  group_colours = "auto",
  description = "FTIR Study"
)

Value

A `ChemoSpec` data object

Un objet de données `ChemoSpec`

Arguments

ftir

A data.frame in long format with columns `sample_id`, `wavenumber`, and `absorbance`. The `absorbance` column may be replaced by a `transmittance` column for transmittance plots. The code determines the correct y axis units and labels the plot/adjusts the margins appropriately.

Un data.frame au format long avec les colonnes `sample_id`, `wavenumber`, et `absorbance`. La colonne `absorbance` peut être remplacée par une colonne `transmittance` pour les tracés de transmission. Le code détermine les unités correctes de l'axe y et étiquette le tracé/ajuste les marges de manière appropriée.

group_crit

A vector of character strings. Corresponds to [ChemoSpec::files2SpectraObject()] `gr.crit` parameter.

Un vecteur de chaînes de caractères. Correspond au paramètre `gr.crit` de [ChemoSpec::files2SpectraObject()].

group_colours

Group colours. Corresponds to [ChemoSpec::files2SpectraObject()] `gr.cols` parameter.

Couleurs du groupe. Correspond au paramètre `gr.cols` de [ChemoSpec::files2SpectraObject()].

description

A description of the experiment. Corresponds to [ChemoSpec::files2SpectraObject()] `descrip` parameter.

Description de l'expérience. Correspond au paramètre `descrip` de [ChemoSpec::files2SpectraObject()].

See Also

[ChemoSpec::files2SpectraObject()] for import requirements, and [chemospec_to_plotftir()] for converting to `PlotFTIR` format.

[ChemoSpec::files2SpectraObject()] pour les conditions d'importation, et [chemospec_to_plotftir()] pour la conversion au format `PlotFTIR`.

Examples

if (requireNamespace("ChemoSpec", quietly = TRUE) && interactive()) {
  # convert biodiesel to a `chemospec` object
  plotftir_to_chemospec(biodiesel)
}