UCSC.Baylor.3.4.Rat.cytoBandIdeogram

A data frame containing chromosome name, start and end position, band name, and intensity of Giemsa stains for each cytoband.

datasets

A simple and flexible way to generate Circos 2D track plot images for genomic data visualization is implemented in this package. The types of plots include: heatmap, histogram, lines, scatterplot, tiles and plot items for further decorations include connector, link (lines and ribbons), and text (gene) label. All functions require only R graphics package that comes with R base installation.

Hongen Zhang

RCircos

Circos 2D Track Plot

UCSC.Baylor.3.4.Rat.cytoBandIdeogram function

A data frame with 246 observations on the following 5 variables.<dl class="dl-horizontal">
 <dt><code>Chromosome</code></dt><dd>a factor with levels <code>chr1</code> <code>chr10</code> <code>chr11</code> <code>chr12</code> <code>chr13</code> <code>chr14</code> <code>chr15</code> <code>chr16</code> <code>chr17</code> <code>chr18</code> <code>chr19</code> <code>chr2</code> <code>chr20</code> <code>chr3</code> <code>chr4</code> <code>chr5</code> <code>chr6</code> <code>chr7</code> <code>chr8</code> <code>chr9</code> <code>chrX</code></dd>
 <dt><code>ChromStart</code></dt><dd>a numeric vector</dd>
 <dt><code>ChromEnd</code></dt><dd>a numeric vector</dd>
 <dt><code>Band</code></dt><dd>a factor with levels <code>p11</code> <code>p12</code> <code>p13</code> <code>p14</code> <code>p15</code> <code>p16</code> <code>p21</code> <code>p22</code> <code>q11</code> <code>q12</code> <code>q12.1</code> <code>q12.2</code> <code>q12.3</code> <code>q12.4</code> <code>q12.5</code> <code>q13</code> <code>q14</code> <code>q15</code> <code>q16</code> <code>q21</code> <code>q22</code> <code>q23</code> <code>q24</code> <code>q25</code> <code>q26</code> <code>q27</code> <code>q31</code> <code>q32</code> <code>q32.1</code> <code>q32.2</code> <code>q32.3</code> <code>q33</code> <code>q34</code> <code>q35</code> <code>q36</code> <code>q37</code> <code>q38</code> <code>q41</code> <code>q42</code> <code>q43</code> <code>q44</code> <code>q45</code> <code>q51</code> <code>q52</code> <code>q53</code> <code>q54</code> <code>q55</code></dd>
 <dt><code>Stain</code></dt><dd>a factor with levels <code>gneg</code> <code>gpos</code> <code>gvar</code></dd>
 </dl>

Format

Cytoband Information for Rat Chromosome Ideogram — UCSC.Baylor.3.4.Rat.cytoBandIdeogram

A data frame with 246 observations on the following 5 variables.<dl class='dl-horizontal'>
 <dt><code>Chromosome</code></dt><dd>a factor with levels <code>chr1</code> <code>chr10</code> <code>chr11</code> <code>chr12</code> <code>chr13</code> <code>chr14</code> <code>chr15</code> <code>chr16</code> <code>chr17</code> <code>chr18</code> <code>chr19</code> <code>chr2</code> <code>chr20</code> <code>chr3</code> <code>chr4</code> <code>chr5</code> <code>chr6</code> <code>chr7</code> <code>chr8</code> <code>chr9</code> <code>chrX</code></dd>
 <dt><code>ChromStart</code></dt><dd>a numeric vector</dd>
 <dt><code>ChromEnd</code></dt><dd>a numeric vector</dd>
 <dt><code>Band</code></dt><dd>a factor with levels <code>p11</code> <code>p12</code> <code>p13</code> <code>p14</code> <code>p15</code> <code>p16</code> <code>p21</code> <code>p22</code> <code>q11</code> <code>q12</code> <code>q12.1</code> <code>q12.2</code> <code>q12.3</code> <code>q12.4</code> <code>q12.5</code> <code>q13</code> <code>q14</code> <code>q15</code> <code>q16</code> <code>q21</code> <code>q22</code> <code>q23</code> <code>q24</code> <code>q25</code> <code>q26</code> <code>q27</code> <code>q31</code> <code>q32</code> <code>q32.1</code> <code>q32.2</code> <code>q32.3</code> <code>q33</code> <code>q34</code> <code>q35</code> <code>q36</code> <code>q37</code> <code>q38</code> <code>q41</code> <code>q42</code> <code>q43</code> <code>q44</code> <code>q45</code> <code>q51</code> <code>q52</code> <code>q53</code> <code>q54</code> <code>q55</code></dd>
 <dt><code>Stain</code></dt><dd>a factor with levels <code>gneg</code> <code>gpos</code> <code>gvar</code></dd>
 </dl>

UCSC.Baylor.3.4.Rat.cytoBandIdeogram: Cytoband Information for Rat Chromosome Ideogram

Description

Usage

Arguments

Format