SeuratObject (version 5.0.2)

SeuratObject-options: Seurat Options

Description

Various options used in Seurat

Package Options

Seurat.coords.short_range

Defaults to “SeuratObject:::Seurat.options$Seurat.coords.short_range”
Currently set to “getOption("Seurat.coords.short_range")”

Seurat.input.sparse_ratio

Defaults to “SeuratObject:::Seurat.options$Seurat.input.sparse_ratio”
Currently set to “getOption("Seurat.input.sparse_ratio")”

Seurat.io.rds.strict

Defaults to “SeuratObject:::Seurat.options$Seurat.io.rds.strict”
Currently set to “getOption("Seurat.io.rds.strict")”

Seurat.object.assay.calcn

Run CalcN when adding assay data to a Seurat object
Defaults to “SeuratObject:::Seurat.options$Seurat.object.assay.calcn”
Currently set to “getOption("Seurat.object.assay.calcn")”

Seurat.object.assay.version

Defaults to “SeuratObject:::Seurat.options$Seurat.object.assay.version”
Currently set to “getOption("Seurat.object.assay.version")”

Seurat.object.assay.v3.missing_layer

Defaults to “SeuratObject:::Seurat.options$Seurat.object.assay.v3.missing_layer”
Currently set to “getOption("Seurat.object.assay.v3.missing_layer")”

Seurat.object.project

Default project for new Seurat objects
Defaults to “SeuratObject:::Seurat.options$Seurat.object.project”
Currently set to “getOption("Seurat.object.project")”