scPipeline (version 0.2.0.0)

SeuratLowDim: Create a Low dimensional Seurat object from scaled seurat object

Description

This function converts the transformed data to low-dimensional data for downstream analysis.

Usage

SeuratLowDim(scaled_seurat_object, ...)

Value

A Seurat object.

Arguments

scaled_seurat_object

A scaled Seurat object.

...

Additional arguments to be passed for downstream analyses.

Examples

# \donttest{
library(Seurat)
# Read 10X counts data from matrix.mtx, barcodes.tsv and genes.tsv
counts <- Read10X(data.dir = "../inst/extdata", gene.column = 1)

# Create Seurat object without batch correction
seurat_obj <- SeuratPreprocess(counts)
seurat_obj <- SeuratLowDim(seurat_obj)
# }