scPipeline (version 0.2.0.0)

SeuratMarkers: A thresholded markers list for better calculation of DE genes

Description

This function calculates differentially expressed genes using Seurat::FindAllMarkers.

Usage

SeuratMarkers(lowdim_seurat_object)

Value

A list containing two marker lists: - Full markers list - Thresholded markers list with min.pct = 0.1

Arguments

lowdim_seurat_object

Seurat object with cluster information

Examples

# \donttest{
library(Seurat)
# Read 10X counts data from matrix.mtx, barcodes.tsv and genes.tsv
counts <- Read10X(data.dir = "../inst/extdata", gene.column = 1)

# Create Seurat object without batch correction
seurat_obj <- SeuratPreprocess(counts)
seurat_obj <- SeuratLowDim(seurat_obj)
# Create Markers list
seurat_markers <- SeuratMarkers(seurat_obj)
# }